紫玉米含有种类丰富的植物营养素，包含大量带紫色、红色或蓝色的类黄酮的花色素苷，以及芍药素、天竺葵色素、矢车菊素-3-葡萄糖苷（简称C3G）等。花色素苷是强力的抗氧化成分，也具有抗发炎的功效，因此可以帮助预防癌症等疾病。紫玉米对于癌症、肥胖、发炎三种疾病有不错的疗效。

一、对抗肥胖和糖尿病
有研究表明紫玉米的矢车菊素-3-葡萄糖苷（C3G）有预防肥胖的潜力。研究者将老鼠分为四组，并分别给予高脂饮食、高脂饮食和C3G、普通饮食、普通饮食和C3G。12週后，研究者发现吃下高脂饮食和C3G的老鼠，肥胖、高血糖或胰岛素阻抗的倾向都少于只吃高脂饮食的老鼠，它们体内脂肪组织的重量也和普通饮食组相差无几。因此，研究者总结认为，紫玉米的花色素苷可能具有对抗肥胖和糖尿病的能力。

二、抗癌能力较强
有研究者从不同植物中萃取出花色素苷，包含紫玉米、葡萄、紫萝卜、山桑子、接骨木果等，并比较了它们抑制癌细胞成长的能力。结果发现，若要减少50%的癌细胞成长，紫玉米的花色素苷用量比其他种类都少，显示紫玉米的抗癌能力较强。同时，紫玉米的花色素苷还杀死了20%的癌细胞，且周边组织并未受到伤害。

三、抗发炎

有研究则发现，矢车菊素-3-葡萄糖苷（简称C3G）减少了老鼠体内由化学药剂引起的急性发炎反应。因此，研究者认为，紫玉米的花色素苷可能对于发炎相关疾病具有疗效。